Kościół pw. św. Anny w Krakowie po raz pierwszy pojawia się w źródłach historycznych w 1381 r. Niespełna trzy dekady później, w 1407 r., został strawiony przez pożar, a następnie odbudowany dzięki środkom przekazanym przez króla Władysława Jagiełłę.

Najwcześniejsze znane historykom wzmianki o Łapszach Wyżnych pochodzą z 1463 r. Prawdopodobnie wieś powstała na początku XV w. przez osiedlenie się tutaj ludności z sąsiednich Łapsz Niżnych.